在考虑起名时，首先要了解每个汉字的五行属性。对于缺木的孩子，我们可以选择那些带有木部首或者与木有关的字眼，如“林”、“森”、“杨”、“柳”等。我们还可以考虑字的音韵和寓意，选择那些既符合五行要求又具有美好寓意的字。
结合您女儿的生辰，她的出生时间在农历五月，此时正是夏季之初，万物生长旺盛的时期。而凌晨2点40分出生的她，恰如初升的朝阳，充满希望和活力。我们可以考虑在名字中体现这种生机勃勃的感觉。
综合以上因素，为这位五行缺木的女儿起名，可以考虑以下几个建议：
1. 林晨：林字旁代表木的属性，晨则寓意清晨的阳光和希望。
2. 柳煊：柳字代表树木的柔美与生机，煊则有光明照耀之意。
3. 森瑶：森代表森林的繁盛与生长，瑶有美玉之意，寓意孩子如玉般纯净无瑕。
4. 杨曦：杨树代表木的元素，曦为晨光初露的阳光，象征希望与活力。